Die FES hat es sich zum Ziel gesetzt, einen Beitrag zur Erreichung des Friedens zwischen Israel und den Palästinensern sowie einer umfassenden Sicherheitsordnung zwischen Israel, der Arabischen Welt, dem Iran und der Türkei zu leisten. So unterstützt sie beispielsweise zwei zivilgesellschaftliche Ansätze israelisch-palästinensischer ziviler Konfliktbearbeitung: die Genfer Initiative als "blueprint" eines möglichen israelisch-palästinensischen Friedensvertrages und damit eines breit angelegten Lösungsansatzes einerseits, und das Jerusalem-Berlin-Forum andererseits, das mit der Erarbeitung von Lösungsszenarien für die Zukunft Jerusalems einen Teilaspekt der Endstatusverhandlungen tiefergehend behandelt.

Dass die Genfer Initiative einen wesentlichen Schritt für die Diskussion im Nahost-Friedensprozess darstellte, zeigt die aktuelle innerpalästinensische Diskussion zwischen Hamas und Fatah um das sog. Gefangenen-Papier, in dem der zentrale Referenzpunkt eine Zwei-Staaten-Lösung auf der Grundlage der Grenzen von 1967 ist.
Auf Einladung der FES kamen Vertreter der sog. "Genfer Initiative" bereits Mitte Januar 2004 nach Berlin, um ihren informellen Friedensplan der deutschen Öffentlichkeit vorzustellen und politische Entscheidungsträger um Unterstützung zu bitten. Es handelt sich dabei um den Entwurf eines israelisch-palästinensischen Friedensabkommens, der ausgehend von den im Januar 2001 abgebrochenen Verhandlungen in Taba von Expertenteams beider Seiten erarbeitet wurde. Besondere Beachtung verdient die Vereinbarung - trotz aller Kritik im In- und Ausland - vor allem deshalb, weil sie konkrete Vorschläge für die Regelung aller Probleme und Hauptstreitpunkte enthält: territoriale Aspekte und Regelungen zur Sicherheit, die Frage der Siedlungen und der Flüchtlinge sowie der Status Jerusalems. Dabei versteht sich die Genfer Initiative als konkrete Ausformulierung einer Endstatusphase der Road Map des Nahost-Quartetts und der von Präsident Bush im Juni 2002 formulierten Zwei-Staaten-Lösung.
Mit den beiden Initiatoren der "Genfer Initiative", dem ehemaligen israelischen Justizminister Yossi Beilin und dem ehemaligen palästinensischen Kultur- und Informationsminister Yasser Abed Rabbo, arbeitet die FES bereits seit vielen Jahren zusammen: u.a. honorierte die FES im Mai 2002 die vielfältigen Bemühungen der sog. israelisch-palästinensischen Koalition für den Frieden unter der Federführung von Beilin und Abbed Rabbo mit der Verleihung ihres jährlich vergebenen Menschenrechtspreises in Berlin. In der derzeitigen Auseinandersetzung zwischen Hamas und Fatah ist Yasser Abbed Rabbo einmal mehr einflussreiche und moderate Stimme der Palästinenser.
Die Frage um den zukünftigen Status der Stadt Jerusalem ist eine der zentralen und zugleich sensibelsten und komplexesten Angelegenheiten des Nahost-Friedenprozesses. Zugleich gibt es eine ganze Reihe von konkreten Fragen, was die Zukunft der Stadt Jerusalem aus Sicht ihrer Bewohner betrifft, beispielsweise Raumplanung, Wirtschaftsentwicklung, Mobilität und Lebensqualität. Mit diesen Fragen haben sich israelische und palästinensische Experten mit Unterstützung der Friedrich-Ebert-Stiftung fast zwei Jahre lang beschäftigt, und herausgekommen sind vier anschauliche Szenarien, wie die mögliche Zukunft Jerusalems aussehen könnte. Sie reichen vom "worst case" Szenario der "verbrannten Erde", in dem die Stadt sich in einem bürgerkriegsähnlichen, anarchischen Zustand befindet, bis zum "best case" Szenario, in dem die "Stadt der Brücken" eine Schlüsselrolle bei der Beilegung des Nahostkonflikts spielt.
Das Projekt entstand im Rahmen des Jerusalem Berlin Forums (JBF), einer israelisch-palästinensisch-deutschen Initiative, die 2001 in Zusammenarbeit mit der Friedrich Ebert Stiftung ins Leben gerufen wurde. Mit dem JBF haben sich Jerusalemer und Berliner Experten das Ziel gesetzt, realistische Zukunftsmodelle für die Stadt Jerusalem zu entwickeln, die in den Verhandlungen um den Status Jerusalems als konkrete Vorschläge dienen können. Grundannahme aller Teilnehmenden ist, dass Jerusalem eine offene, ungeteilte Stadt für alle seine Bewohner sein muss. Bei einer Zweistaatenlösung des Nahostkonflikts muss Jerusalem Hauptstadt der beiden Staaten Israel und Palästina werden. Im September 2006 werden die beiden Jerusalemer Teams ihre Szenarien im Rahmen einer Konferenz auch der deutschen Öffentlichkeit vorstellen.
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